大部分人认为他们的大脑和结肠之间是有一个健康距离的，但实际上两者是紧密相连的。神经细胞系的交流有助于大脑控制消化过程，而肠道传递的信息也能影响大脑的知觉和行为。在信息传递中微生物作为关键的第一反应者连接消化道和大脑之间与健康有关的信号传递的证据越来越明显。
       人类的消化道中有大规模多样化的细菌，它们不仅帮助消化，还可增强免疫功能，且科学家们还观察到肠道菌群与中枢神经系统间的相互作用。因此，精神健康甚至神经系统的发展都可通过这些细菌的组成和行为塑造和被塑造。如果真的是这样，如果以后有人问你为什么心情不好，你就可以说这是细菌干的了！

       肠壁与中枢神经系统的双向沟通是通过迷走神经来进行的，迷走神经从脑干到肠道都存在并且管理整个身体许多无意识的任务，同时也依赖于一些必要的应激反应信号。它与肠道的相互作用调节消化物质的各个方面，这也解释了为什么中枢神经系统疾病经常伴随着消化问题。大量证据显示了肠易激综合征（IBS）通常和肠道微生物群的干扰有关。许多IBS的发生是由于肠道的感染，这些感染可通过直接杀害某些有益物种或间接破坏它们的生存环境来显著改变肠道菌群的组成。然而，IBS微生物菌群的数据由于其庞大的数量和很多鲜为人知的亚型还需要深入研究。

       日本的研究人员发现SPF级的小鼠产生的中枢神经系统应激反应中两个重要分子多巴胺和肾上腺素比正常小鼠水平低。并且微生物也影响5-羟色胺的产生-这种神经递质对肠道运动功能、消化以及各种认知和情绪障碍有极大的关系。身体内约95%的5-羟色胺是由肠道产生的，DAVIDGEFFEN医学院的ELAINEHSIAO领导的小组发现在小鼠肠道细菌中一个特殊子集直接刺激肠内血清素的合成和释放，这些肠道内5-羟色胺产生的细胞则可被视为主要的中枢，用于肠道和大脑的通信，揭示了肠道菌群对神经系统功能影响的分子机制。尽管IBS本身不是公认的一种炎症性疾病，IBS患者对炎症反应是超级敏感的，它提供了中枢神经系统可以调节肠道菌群的另一条可能通路。